발효 공정은 미생물의 대사에 기대므로 숙주 특이성을 먼저 본다. 박테리오파아지는 세균을 감염시켜 파괴하는 바이러스이므로, 세균을 이용하는 공정이 오염에 취약하다. 식초는 아세트산균, 요구르트는 유산균을 쓰므로 피해가 크다. 식혜와 청주는 효모를, 항생물질 제조는 방선균이나 곰팡이를, 단일세포단백은 효모나 조류를, 헥산 제조는 효모나 곰팡이를 주로 이용하므로 파아지의 직접 감염 대상이 되기 어렵다.
발효식품의 안전성은 자연 발생 유해 물질과 연결된다. 알코올 음료와 발효식품에서는 에틸 카바메이트가 생길 수 있고, 국제암연구기관이 이를 2A군 발암물질로 분류한다. 아미노산과 에탄올이 반응해 만들어지며, 아르기닌·시트룰린·우레아가 전구물질로 관여한다. 히스티딘은 히스타민 생성과 관련될 뿐 이 물질의 직접 원료가 아니다. 바이오제닉 아민은 두통이나 알레르기를 일으키는 물질이고, 니트로퓨란은 항생제, 벤젠은 유기 용매라 구분한다.
초산발효는 화학량론으로 생성량을 따진다. 반응식은 에틸알코올과 산소가 초산과 물로 바뀌는 1대1 반응이다. 에틸알코올의 분자량은 46, 초산의 분자량은 60이므로 같은 몰수에서 질량비는 60/46이 된다. 투입한 에틸알코올의 질량에 이 비율을 곱해 이론적인 최대 생성량을 구한다.
전통 발효식품은 균주가 정해져 있다. 한식 된장의 메주에는 단백질 분해 효소와 아밀라아제를 내는 고초균, 곧 바실러스 서브틸리스가 주균으로 생육한다. 구연산 산업 발효는 흑곰팡이인 아스퍼질러스 니거가 생산 효율이 가장 뛰어나고, 누룩곰팡이인 아스퍼질러스 오리자는 전통 발효식품에 쓰인다. 식초 발효에는 아세토박터 아세티와 옥시단스가 유용하지만, 아세토박터 자일리눔은 점질성 셀룰로오스를 만들어 품질을 떨어뜨리는 유해균이다.
발효 방식과 처리법도 구분한다. 당화와 알코올 발효가 같은 용기에서 동시에 진행되면 병행복발효라 하고, 청주와 사케가 대표적이다. 젖산균 가운데 루코노스톡 속은 젖산 외에 가스와 알코올을 함께 만들어 이상발효를 일으킨다. 폐수의 생화학적 산소 요구량을 낮추는 발효법으로는 힐데브란트-에르브법이 있다.