종자 증식체계는 육종가가 만든 순수한 종자를 농가에 보급할 때까지 단계적으로 늘려 가는 흐름이다. 시작은 기본식물포이고, 여기서 얻은 종자를 원원종포에서 재배해 순수성을 확인한다. 이어 원종포에서 대량으로 증식하고, 마지막으로 채종포에서 농가 보급용 종자를 생산한다. 따라서 기본식물포 → 원원종포 → 원종포 → 채종포의 순서가 표준이다.
농가 보급까지의 갱신 체계로 보면 기본식물 → 원원종 → 원종 → 보급종 → 농가의 흐름이 된다. 각 단계는 앞 단계의 종자를 받아 다음 단계로 확대하는 관계이므로, 중간 단계가 뒤바뀌면 논리적 흐름이 무너진다.
채종재배에서는 자연교잡으로 품종이 퇴화하는 것을 막는 것이 관건이다. 배추과 채소는 벌이나 바람으로 꽃가루가 쉽게 옮겨 다니므로 수분원을 격리하거나 자가불임화를 유도한다. 외딴섬재배는 재배지를 멀리 떨어뜨려 꽃가루 날림을 차단하는 물리적 방법이고, 망실재배는 망을 씌워 꽃가루 유입을 막는 방법이다. 지베렐린 처리는 꽃이 피기 전 자가불임화를 유도해 교잡을 막는 호르몬 활용이다.
타가수정 작물은 유전적 순도를 지키기 위해 충분한 격리 거리를 둔다. 무, 배추, 시금치처럼 바람과 곤충으로 꽃가루가 이동하는 작물은 1,000m 이상의 격리 거리를 확보해야 안전하다.
자가불화합성과 웅성불임성은 스스로 수정되는 것을 막아 다른 계통과 교배시켜 F1 잡종 종자를 대량 생산하는 데 쓰인다. 이 형질은 육종의 마지막 단계인 종자 및 묘목의 증식 단계에서 활용된다. 변이 창성, 선발, 검정은 그보다 앞선 단계이므로 구분해야 한다.
종자보존이 적당하지 않은 작물도 갈래로 나뉜다. 종자로 번식하면 형질이 분리되어 원래 특성과 다른 식물체가 나오는 작물은 종자보존에 적합하지 않으며, 딸기와 감자가 그 예에 해당한다. 벼, 보리, 밀, 귀리, 고추는 종자 번식 시 형질이 비교적 안정적으로 유지되는 작물이다.